عملکرد اصلی آزمایشگاه میکروبیولوژی بالینی کشت نمونه های مختلف بیماران مشکوک به عفونت به منظور بررسی میکروارگانیسم ها، شناسایی دقیق گونه های جدا شده، انجام تست حساسیت به آنتی بیوتیک ها (AST) و ارزیابی نمونه های سرولوژیکی برای بیماری های عفونی می باشد. این موارد در تشخیص و درمان بیماری های عفونی به پزشکان کمک خواهد کرد. در بخش میکروب شناسی آزمایشگاه پاتوبیولوژی امروز پرسنلی مجرب با استفاده از متد روز دنیا به ارائه خدمات می پردازند.
در بخش تجزیه ادرار آزمایشگاه پاتوبیولوژی امروز تمام پارامترهای بیوشیمی از جمله: قند، پروتئین، بیلی روبین، اوروبیلینوژن و ... مورد تجزیه قرار می گیرند. به علاوه در این بخش می نوان ادرار را از نظر برخی موارد که به صورت معمول در ادرار وجود ندارند و در اثر برخی از بیماری ها سیتماتیک و نقص های ایمنی مادرزادی در ادرار دیده می شوند نیز مورد آزمایش قرار می گیرند. کنترل کیفی داخلی و خارجی در مورد تمام پارامترها و عناصری که در بخش تجزیه ادرار مورد تجزیه قرار می گیرد انجام می شود و کنترل کیفی به صورت روزانه، هفتگی و ماهیانه انجام می شود. دیگر ویژگی این بخش از آزمایشگاه به کار گیری پرسنل کار آزموده و با تجربه است. همچنین این بخش از آزمایشگاه گزارش المنت های میکروسکوپی ادرار ارائه می دهد و در صورت وجود عناصر غیر طبیعی سلولی در رسوب ادرار بیماران، بررسی از نظر سیتولوژی ادرار به پزشکان معالج توصیه می گردد.